• 单细胞生物信息学分析RNA-Seq [时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  为了分析单细胞RNA-seq数据，我们将利用10倍基因组学和自定义R / Python脚本提供的最新方法来执行细胞子集的识别和表征。
• 单细胞RNA-seq库的准备和测序。 [时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  每个样品的10,000个细胞将加载在称为10 X铬（10倍基因组学）的仪器上。

• DC亚型在肿瘤微环境中的空间分布[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  Shapiro-Wilks测试将用于检查连续变量是否遵循正态分布。当比较两组以上时，将使用t检验或方差分析（ANOVA）进行比较。如果拒绝ANOVA检验的无效假设，则将使用Tukey方法进行成对比较，以检查在存在多个非正交比较的情况下检查α误差。如果变量未正态分布，将应用相应的非参数测试（Wilcoxon Mann Whitney和Kruskal-Wallis测试）。鉴于进行了大量测试，将应用正错误发现率（PFDR）方法来考虑多重性问题。
• 肿瘤微环境中存在的髓样细胞亚型与生存之间的相关性[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  一种用于整体生存的多元COX模型，一种用于无疾病生存的模型，包括在每个模型中使用“最小绝对收缩和选择算子”（LASSO）方法共同选择所有基因（LASSO）方法，以选择与生存相关的实际基因并估算危险比（ HR）和相应的95％CI。

• DC亚型在肿瘤微环境中的空间分布[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  Shapiro-Wilks测试将用于检查连续变量是否遵循正态分布。当比较两组以上时，将使用t检验或方差分析（ANOVA）进行比较。如果拒绝ANOVA检验的无效假设，则将使用Tukey方法进行成对比较，以检查在存在多个非正交比较的情况下检查α误差。如果变量未正态分布，将应用相应的非参数测试（Wilcoxon Mann Whitney和Kruskal-Wallis测试）。鉴于进行了大量测试，将应用正错误发现率（PFDR）方法来考虑多重性问题。
• 骨髓细胞的亚型之间存在于肿瘤微环境和存活中[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  一种用于整体生存的多元COX模型，一种用于无疾病生存的模型，包括在每个模型中使用“最小绝对收缩和选择算子”（LASSO）方法共同选择所有基因（LASSO）方法，以选择与生存相关的实际基因并估算危险比（ HR）和相应的95％CI。

背景自适应免疫反应的激活取决于树突状细胞（DC）和巨噬细胞，固有免疫系统的髓样细胞，专门研究抗原表现和T细胞的激活。髓样细胞的这种特殊性不仅是疾病感染性的，而且在癌症的背景下都是基本的，因为吞噬细胞捡起与癌细胞相关的抗原，并将其呈现给肿瘤微环境中的T细胞或在肿瘤排出的淋巴结中以获得抗肿瘤反应，以获得抗肿瘤反应。

特别是，在DC的总体肿瘤含量与不同肿瘤的癌症患者的存活之间观察到正相关，以及基于使用免疫切除剂抑制剂（ICB）对疗法的反应性更好。

最近已经揭示了不同树突状细胞亚型的存在，以及每个亚型对肿瘤环境的特定适应性。

这是一个关键点，因为肿瘤微环境中DC，巨噬细胞和T细胞的功能异质性可能是导致抗癌免疫疗法成功或失败的因素之一。基于ICB的疗法已彻底改变了癌症患者（例如黑色素瘤和肺癌）的治疗，但目前仅对少数患者有益。提高对肿瘤免疫微环境的了解是预测对现有疗法以及可能发展新免疫疗法的临床反应的关键。

髓样细胞（例如树突状细胞和巨噬细胞）浸润许多不同类型的肿瘤，可以通过激活T和NK细胞发挥抗肿瘤功能，或者它们可以通过产生抗炎细胞因子和抑制性分子来进行促肿瘤活性。几种常规DC亚型的肿瘤中的存在与更好的预后有关，而对非常规DC（例如CD14 + CD1C + DC）提出了亲肿瘤功能。巨噬细胞的存在与杂种作用有关。

研究者假设肿瘤微环境中髓样细胞和T细胞的功能异质性是导致抗肿瘤免疫反应成功或失败的因素之一。髓样细胞亚型和相关T细胞的高分辨率定义，其表型，肿瘤中的分布以及其功能特征将有助于了解肿瘤微环境的复杂性。

研究设计时，将识别每个样品并标记为独特的ID。病理学家将在采取所有用于诊断目的所需的东西后选择可用于实验的组织。研究样本将放置在试管中并保持在冰上。然后，它将被送往米兰大学 - 比科卡大学实验室。根据标准方案，将使用人类肿瘤解离试剂盒和GentleMacs™分离剂（Miltenyi Biotech）制备单细胞悬浮液，并根据标准方案制备单细胞悬浮液。然后将通过密度梯度离心分离细胞悬液。

研究人员将分析大约60名免疫荧光研究和4例单个细胞转录组分析（单细胞RNA-SEQ）的患者。由4例患者进行的单细胞分析已经证明足以鉴定免疫细胞的不同亚型。将处理免疫细胞以获得富含髓样细胞的细胞悬浮液。这将允许对DC，巨噬细胞和CD4 + T细胞进行准确的亚型分析，并确定由于稀释而在未选择的样品中可能会丢失的非常罕见的种群。预分类策略将基于CD45和MHC II类的表达，并且没有CD3，CD19，CD56，LY6G的表达，以排除T，B，NK和中性粒细胞。

残留物质不会存储。假定将在5年内入学和分析患者。

有5个不同的任务：

任务1：单细胞RNA-seq库的准备和测序；任务2：单细胞RNA-seq生物信息学分析；任务3：肿瘤微环境中存在的直流亚型的流式细胞仪分析；任务4：肿瘤微环境任务中直流亚型的空间分布：评估肿瘤微环境中存在的髓样细胞亚型之间的关联和生存；

该研究将以数据的生物信息学分析以及通过流式细胞仪分析对数据进行验证结束

• Gornati L，Zanoni I，Granucci F.十字头发中的树突状细胞用于生成定制的疫苗。前免疫。 2018年6月27日； 9：1484。 doi：10.3389/fimmu.2018.01484。 2018年环保。
• BöttcherJP，Reis E Sousa C. 1型常规树突状细胞在癌症免疫中的作用。趋势癌。 2018年11月； 4（11）：784-792。 doi：10.1016/j.trecan.2018.09.001。 EPUB 2018年9月29日。评论。
• Hildner K，Edelson BT，Purtha WE，Diamond M，Matsushita H，Kohyama M，Calderon B，Schraml BU，Unanue ER，Diamond MS，Schreiber RD，Murphy TL，Murphy KM。 BATF3缺乏症揭示了CD8Alpha+树突状细胞在细胞毒性T细胞免疫中的关键作用。科学。 2008年11月14日； 322（5904）：1097-100。 doi：10.1126/science.11​​64206。
• Eisenbarth SC。 T细胞编程中的树突状细胞子集：位置决定功能。 Nat Rev Immunol。 2019年2月; 19（2）：89-103。 doi：10.1038/s41577-018-0088-1。审查。
• Mingozzi F，Spreafico R，Gorletta T，Cigni C，Di Gioia M，Caccia M，Caccia M，Sironi L，Collini M，Soncini M，Soncini M，Rusconi M，Von Andrian UH，Chirico G，Chirico G，Zanoni I，Zanoni I，Granucci F.长期与树突状细胞的接触，延长了树枝状细胞。淋巴结驻留NK细胞成抗肿瘤效应子。 Embo mol Med。 2016年9月1日； 8（9）：1039-51。 doi：10.15252/emmm.201506164。印刷2016年9月。

纳入标准：

• 年龄≥18岁的男女；
• 经常研究证实了临床诊断，以确定结肠或肺癌的存在。
• 病变> 1厘米;
• 根据ICH / EU GCP和国家 /地方法规征得知情同意的法律能力。

排除标准：

• 怀孕;
• 假定怀孕；
• 已知的凝血缺陷；
• 酗酒或吸毒

• 单细胞生物信息学分析RNA-Seq [时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  为了分析单细胞RNA-seq数据，我们将利用10倍基因组学和自定义R / Python脚本提供的最新方法来执行细胞子集的识别和表征。
• 单细胞RNA-seq库的准备和测序。 [时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  每个样品的10,000个细胞将加载在称为10 X铬（10倍基因组学）的仪器上。

• DC亚型在肿瘤微环境中的空间分布[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  Shapiro-Wilks测试将用于检查连续变量是否遵循正态分布。当比较两组以上时，将使用t检验或方差分析（ANOVA）进行比较。如果拒绝ANOVA检验的无效假设，则将使用Tukey方法进行成对比较，以检查在存在多个非正交比较的情况下检查α误差。如果变量未正态分布，将应用相应的非参数测试（Wilcoxon Mann Whitney和Kruskal-Wallis测试）。鉴于进行了大量测试，将应用正错误发现率（PFDR）方法来考虑多重性问题。
• 肿瘤微环境中存在的髓样细胞亚型与生存之间的相关性[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  一种用于整体生存的多元COX模型，一种用于无疾病生存的模型，包括在每个模型中使用“最小绝对收缩和选择算子”（LASSO）方法共同选择所有基因（LASSO）方法，以选择与生存相关的实际基因并估算危险比（ HR）和相应的95％CI。

• DC亚型在肿瘤微环境中的空间分布[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  Shapiro-Wilks测试将用于检查连续变量是否遵循正态分布。当比较两组以上时，将使用t检验或方差分析（ANOVA）进行比较。如果拒绝ANOVA检验的无效假设，则将使用Tukey方法进行成对比较，以检查在存在多个非正交比较的情况下检查α误差。如果变量未正态分布，将应用相应的非参数测试（Wilcoxon Mann Whitney和Kruskal-Wallis测试）。鉴于进行了大量测试，将应用正错误发现率（PFDR）方法来考虑多重性问题。
• 骨髓细胞的亚型之间存在于肿瘤微环境和存活中[时间范围：直到研究结束（大约5年）。这是给予的
  一种用于整体生存的多元COX模型，一种用于无疾病生存的模型，包括在每个模型中使用“最小绝对收缩和选择算子”（LASSO）方法共同选择所有基因（LASSO）方法，以选择与生存相关的实际基因并估算危险比（ HR）和相应的95％CI。

背景自适应免疫反应的激活取决于树突状细胞（DC）和巨噬细胞，固有免疫系统的髓样细胞，专门研究抗原表现和T细胞的激活。髓样细胞的这种特殊性不仅是疾病感染性的，而且在癌症的背景下都是基本的，因为吞噬细胞捡起与癌细胞相关的抗原，并将其呈现给肿瘤微环境中的T细胞或在肿瘤排出的淋巴结中以获得抗肿瘤反应，以获得抗肿瘤反应。

特别是，在DC的总体肿瘤含量与不同肿瘤的癌症患者的存活之间观察到正相关，以及基于使用免疫切除剂抑制剂（ICB）对疗法的反应性更好。

最近已经揭示了不同树突状细胞亚型的存在，以及每个亚型对肿瘤环境的特定适应性。

这是一个关键点，因为肿瘤微环境中DC，巨噬细胞和T细胞的功能异质性可能是导致抗癌免疫疗法成功或失败的因素之一。基于ICB的疗法已彻底改变了癌症患者（例如黑色素瘤和肺癌）的治疗，但目前仅对少数患者有益。提高对肿瘤免疫微环境的了解是预测对现有疗法以及可能发展新免疫疗法的临床反应的关键。

髓样细胞（例如树突状细胞和巨噬细胞）浸润许多不同类型的肿瘤，可以通过激活T和NK细胞发挥抗肿瘤功能，或者它们可以通过产生抗炎细胞因子和抑制性分子来进行促肿瘤活性。几种常规DC亚型的肿瘤中的存在与更好的预后有关，而对非常规DC（例如CD14 + CD1C + DC）提出了亲肿瘤功能。巨噬细胞的存在与杂种作用有关。

研究者假设肿瘤微环境中髓样细胞和T细胞的功能异质性是导致抗肿瘤免疫反应成功或失败的因素之一。髓样细胞亚型和相关T细胞的高分辨率定义，其表型，肿瘤中的分布以及其功能特征将有助于了解肿瘤微环境的复杂性。

研究设计时，将识别每个样品并标记为独特的ID。病理学家将在采取所有用于诊断目的所需的东西后选择可用于实验的组织。研究样本将放置在试管中并保持在冰上。然后，它将被送往米兰大学 - 比科卡大学实验室。根据标准方案，将使用人类肿瘤解离试剂盒和GentleMacs™分离剂（Miltenyi Biotech）制备单细胞悬浮液，并根据标准方案制备单细胞悬浮液。然后将通过密度梯度离心分离细胞悬液。

研究人员将分析大约60名免疫荧光研究和4例单个细胞转录组分析（单细胞RNA-SEQ）的患者。由4例患者进行的单细胞分析已经证明足以鉴定免疫细胞的不同亚型。将处理免疫细胞以获得富含髓样细胞的细胞悬浮液。这将允许对DC，巨噬细胞和CD4 + T细胞进行准确的亚型分析，并确定由于稀释而在未选择的样品中可能会丢失的非常罕见的种群。预分类策略将基于CD45和MHC II类的表达，并且没有CD3，CD19，CD56，LY6G的表达，以排除T，B，NK和中性粒细胞。

残留物质不会存储。假定将在5年内入学和分析患者。

有5个不同的任务：

任务1：单细胞RNA-seq库的准备和测序；任务2：单细胞RNA-seq生物信息学分析；任务3：肿瘤微环境中存在的直流亚型的流式细胞仪分析；任务4：肿瘤微环境任务中直流亚型的空间分布：评估肿瘤微环境中存在的髓样细胞亚型之间的关联和生存；

该研究将以数据的生物信息学分析以及通过流式细胞仪分析对数据进行验证结束

• Gornati L，Zanoni I，Granucci F.十字头发中的树突状细胞用于生成定制的疫苗。前免疫。 2018年6月27日； 9：1484。 doi：10.3389/fimmu.2018.01484。 2018年环保。
• BöttcherJP，Reis E Sousa C. 1型常规树突状细胞在癌症免疫中的作用。趋势癌。 2018年11月； 4（11）：784-792。 doi：10.1016/j.trecan.2018.09.001。 EPUB 2018年9月29日。评论。
• Hildner K，Edelson BT，Purtha WE，Diamond M，Matsushita H，Kohyama M，Calderon B，Schraml BU，Unanue ER，Diamond MS，Schreiber RD，Murphy TL，Murphy KM。 BATF3缺乏症揭示了CD8Alpha+树突状细胞在细胞毒性T细胞免疫中的关键作用。科学。 2008年11月14日； 322（5904）：1097-100。 doi：10.1126/science.11​​64206。
• Eisenbarth SC。 T细胞编程中的树突状细胞子集：位置决定功能。 Nat Rev Immunol。 2019年2月; 19（2）：89-103。 doi：10.1038/s41577-018-0088-1。审查。
• Mingozzi F，Spreafico R，Gorletta T，Cigni C，Di Gioia M，Caccia M，Caccia M，Sironi L，Collini M，Soncini M，Soncini M，Rusconi M，Von Andrian UH，Chirico G，Chirico G，Zanoni I，Zanoni I，Granucci F.长期与树突状细胞的接触，延长了树枝状细胞。淋巴结驻留NK细胞成抗肿瘤效应子。 Embo mol Med。 2016年9月1日； 8（9）：1039-51。 doi：10.15252/emmm.201506164。印刷2016年9月。

纳入标准：

• 年龄≥18岁的男女；
• 经常研究证实了临床诊断，以确定结肠或肺癌的存在。
• 病变> 1厘米;
• 根据ICH / EU GCP和国家 /地方法规征得知情同意的法律能力。

排除标准：

• 怀孕;
• 假定怀孕；
• 已知的凝血缺陷；
• 酗酒或吸毒