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出境医 / 临床实验 / 开发瑞士监视数据库，用于高毒和多药病原体的分子流行病学
开发瑞士监视数据库，用于高毒和多药病原体的分子流行病学
研究描述
简要摘要：
过度毒性和多药的感染与大量医疗保健成本，大量发病率和死亡率有关。因此，对爆发和多药耐药性病原体的暴发和传播的快速认识是感染控制和公共卫生的关键优先事项。主要目标是实施共享数据库，连接人类和兽医微生物实验室，这将允许实际接近现实 - 时间分子流行病学，具有细菌病原体的高时空分辨率，例如在包括人类，动物和瑞士环境（包括人类，动物和环境）之间的传播和爆发监测。研究者的目的是通过结合病原体的流行病学数据和整个基因组序列来分析已经收集的各种病原体的编码回顾性数据集。
| 病情或疾病 | 干预/治疗 |
|---|---|
| 多重细菌病原体有毒细菌病原体 | 诊断测试：细菌基因组的分析 |
详细说明：
过度毒性和多药的感染与大量医疗保健成本，大量发病率和死亡率有关。因此，对爆发和多药耐药性病原体的暴发和传播的快速认识是感染控制和公共卫生的关键重点。对于医院的流行病学家，传染病和公共卫生专家和微生物学家，爆发来源的识别是建立有效的反测量的第一步。在瑞士，人类，动物和环境之间病原体传播的负担很大。主要目的是实施共享数据库，连接人类和兽医微生物学实验室，该实验室将允许近乎实时的分子流行病学，并具有高时空分辨率的细菌病原体的高时空分辨率，例如传播和爆发爆发监测和包括人类，动物和动物环境之间的爆发和爆发监测。瑞士。研究者的目的是通过结合病原体的流行病学数据和整个基因组序列来分析已经收集的各种病原体的编码回顾性数据集。
学习规划
| 研究类型 ： | 观察 |
| 估计入学人数 ： | 10000名参与者 |
| 观察模型： | 队列 |
| 时间观点： | 回顾 |
| 官方标题： | 开发瑞士监视数据库，用于高毒和多药病原体的分子流行病学 |
| 实际学习开始日期 ： | 2019年9月30日 |
| 估计的初级完成日期 ： | 2024年12月31日 |
| 估计 学习完成日期 ： | 2024年12月31日 |
武器和干预措施
| 组/队列 | 干预/治疗 |
|---|---|
| 结肠化或病原体感染的患者 所有患有结肠或感染细菌或病毒病原体感染的患者，其中整个基因组测序数据以及可用的最小流行病学，人口统计学和临床数据 | 诊断测试：细菌基因组的分析 基因组组装；序列类型的预测（MLST）;核心基因组MLST树快速比较项目中的菌株；核心基因组单核苷酸多态性（SNP）树比较所有属于同一物种的瑞士病原体监测平台（SPSP）菌株；整个基因组SNP树比较了同一物种和ST中的所有SPSP菌株；病原体中抗性和毒力因子提交基因组中的预测；时间树和传输速率的计算，包括基本的繁殖数；使用高级统计方法（包括机器学习）的经典流行病学数据分析。 |
结果措施
主要结果指标 ：
- 基于遗传相似性鉴定传播簇。 [时间范围：基线时的一次性识别]基于遗传相似性鉴定传播簇。专注于整个基因组测序。
次要结果度量 ：
- 检测基因型耐药性[时间范围：基线时的周期识别]基于测量最小抑制浓度（MIC）或区域直径（ZD）（ZD）的基因型耐药性检测（体外抗生素敏感性测试（AST））
资格标准
| 有资格学习的年龄： | 儿童，成人，老年人 |
| 有资格学习的男女： | 全部 |
| 接受健康的志愿者： | 不 |
| 采样方法： | 概率样本 |
研究人群
•所有患有细菌或病毒病原体感染的患者，包括瑞士参与中心的以下病原体。
标准
纳入标准：
- 所有患有结肠或感染细菌或病毒病原体感染的患者，其中整个基因组测序数据以及可用的最小流行病学，人口统计学和临床数据
- Pathogens included into analysis are: Multidrug-resistant bacteria include: methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Carbapenemase- and/or extended spectrum betalactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae and non-fermenting bacteria including Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii, Vancomycin resistant Enterococcus faecium ， 和别的;毒细菌包括：奈瑟氏菌脑膜炎，淋病奈瑟菌，结核分枝杆菌，弯曲杆菌，沙门氏菌，沙门氏菌，肺炎军团菌，李斯特氏菌，单核细胞增生李斯特氏菌，以及肺炎链球菌，以及肺炎链球菌；病毒包括：流感病毒，麻疹病毒，肠病毒E68，呼吸道合胞病毒等。
排除标准：
- 拒绝签署一般同意书或任何其他下降的声明，反对使用数据进行研究目的。
联系人和位置
联系人
| 联系人：Adrian Egli，医学博士 | +41 61 556 5749 | adrian.egli@usb.ch | |
| 联系人：理查德·尼尔 | Richard.neher@usb.ch |
位置
| 瑞士 | |
| 微生物学研究所CHUV | 招募 |
| 洛桑，沃德，瑞士，1011 | |
| 联系人：Gilbert Greub，教授 | |
| 医院预防医学Chuv | 招募 |
| 洛桑，沃德，瑞士，1011 | |
| 联系人：Dominique Blanc，PD Dr. | |
| 临床细菌学和真菌学 | 招募 |
| 巴塞尔，瑞士，4031 | |
| 联系人：Adrian Egli，医学博士博士+41 61 556 5749 Adrian.egli@usb.ch | |
| 联系人：理查德·尼赫（Richard Neher），教授richard.neher@usb.ch | |
| 兽医学研究所 | 招募 |
| 伯尔尼，瑞士，3012 | |
| 联系人：Vincent Perreten，教授 | |
| 日内瓦大学细菌学实验室 | 招募 |
| 瑞士日内瓦，1205 | |
| 联系人：Jacques Schrenzel，教授 | |
| 食品安全和氢化研究所 | 招募 |
| 苏黎世，瑞士，8057 | |
| 联系人：罗杰·斯蒂芬（Roger Stephan），教授 | |
赞助商和合作者
瑞士巴塞尔大学医院
瑞士国家科学基金会
调查人员
| 首席研究员： | 阿德里安·埃格利（Adrian Egli），教授 | 巴塞尔大学Biozentrum |
| 追踪信息 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 首先提交日期 | 2019年11月19日 | ||||||||
| 第一个发布日期 | 2019年11月21日 | ||||||||
| 上次更新发布日期 | 2020年12月10日 | ||||||||
| 实际学习开始日期 | 2019年9月30日 | ||||||||
| 估计的初级完成日期 | 2024年12月31日（主要结果度量的最终数据收集日期） | ||||||||
| 当前的主要结果指标 | 基于遗传相似性鉴定传播簇。 [时间范围：基线时的一次性识别] 基于遗传相似性鉴定传播簇。专注于整个基因组测序。 | ||||||||
| 原始主要结果指标 | 与电流相同 | ||||||||
| 改变历史 | |||||||||
| 当前的次要结果指标 | 检测基因型耐药性[时间范围：基线时的周期识别] 基于测量最小抑制浓度（MIC）或区域直径（ZD）（ZD）的基因型耐药性检测（体外抗生素敏感性测试（AST）） | ||||||||
| 原始的次要结果指标 | 检测基因型耐药性[时间范围：基线时的周期识别] 检测基因型抗性 | ||||||||
| 当前其他预先指定的结果指标 | 不提供 | ||||||||
| 原始其他预先指定的结果指标 | 不提供 | ||||||||
| 描述性信息 | |||||||||
| 简短标题 | 开发瑞士监视数据库，用于高毒和多药病原体的分子流行病学 | ||||||||
| 官方头衔 | 开发瑞士监视数据库，用于高毒和多药病原体的分子流行病学 | ||||||||
| 简要摘要 | 过度毒性和多药的感染与大量医疗保健成本，大量发病率和死亡率有关。因此，对爆发和多药耐药性病原体的暴发和传播的快速认识是感染控制和公共卫生的关键优先事项。主要目标是实施共享数据库，连接人类和兽医微生物实验室，这将允许实际接近现实 - 时间分子流行病学，具有细菌病原体的高时空分辨率，例如在包括人类，动物和瑞士环境（包括人类，动物和环境）之间的传播和爆发监测。研究者的目的是通过结合病原体的流行病学数据和整个基因组序列来分析已经收集的各种病原体的编码回顾性数据集。 | ||||||||
| 详细说明 | 过度毒性和多药的感染与大量医疗保健成本，大量发病率和死亡率有关。因此，对爆发和多药耐药性病原体的暴发和传播的快速认识是感染控制和公共卫生的关键重点。对于医院的流行病学家，传染病和公共卫生专家和微生物学家，爆发来源的识别是建立有效的反测量的第一步。在瑞士，人类，动物和环境之间病原体传播的负担很大。主要目的是实施共享数据库，连接人类和兽医微生物学实验室，该实验室将允许近乎实时的分子流行病学，并具有高时空分辨率的细菌病原体的高时空分辨率，例如传播和爆发爆发监测和包括人类，动物和动物环境之间的爆发和爆发监测。瑞士。研究者的目的是通过结合病原体的流行病学数据和整个基因组序列来分析已经收集的各种病原体的编码回顾性数据集。 | ||||||||
| 研究类型 | 观察 | ||||||||
| 学习规划 | 观察模型：队列 时间观点：回顾 | ||||||||
| 目标随访时间 | 不提供 | ||||||||
| 生物测量 | 不提供 | ||||||||
| 采样方法 | 概率样本 | ||||||||
| 研究人群 | •所有患有细菌或病毒病原体感染的患者，包括瑞士参与中心的以下病原体。 | ||||||||
| 健康）状况 |
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| 干涉 | 诊断测试：细菌基因组的分析 基因组组装；序列类型的预测（MLST）;核心基因组MLST树快速比较项目中的菌株；核心基因组单核苷酸多态性（SNP）树比较所有属于同一物种的瑞士病原体监测平台（SPSP）菌株；整个基因组SNP树比较了同一物种和ST中的所有SPSP菌株；病原体中抗性和毒力因子提交基因组中的预测；时间树和传输速率的计算，包括基本的繁殖数；使用高级统计方法（包括机器学习）的经典流行病学数据分析。 | ||||||||
| 研究组/队列 | 结肠化或病原体感染的患者 所有患有结肠或感染细菌或病毒病原体感染的患者，其中整个基因组测序数据以及可用的最小流行病学，人口统计学和临床数据 干预：诊断测试：细菌基因组的分析 | ||||||||
| 出版物 * |
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*包括由数据提供商提供的出版物以及Medline中临床标识符（NCT编号）的出版物。 | |||||||||
| 招聘信息 | |||||||||
| 招聘状况 | 招募 | ||||||||
| 估计入学人数 | 10000 | ||||||||
| 原始估计注册 | 与电流相同 | ||||||||
| 估计学习完成日期 | 2024年12月31日 | ||||||||
| 估计的初级完成日期 | 2024年12月31日（主要结果度量的最终数据收集日期） | ||||||||
| 资格标准 | 纳入标准：
排除标准：
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| 性别/性别 |
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| 年龄 | 儿童，成人，老年人 | ||||||||
| 接受健康的志愿者 | 不 | ||||||||
| 联系人 |
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| 列出的位置国家 | 瑞士 | ||||||||
| 删除了位置国家 | |||||||||
| 管理信息 | |||||||||
| NCT编号 | NCT04172025 | ||||||||
| 其他研究ID编号 | 2019-01291; QU19EGLI5 | ||||||||
| 有数据监测委员会 | 不 | ||||||||
| 美国FDA调节的产品 |
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| IPD共享声明 | 不提供 | ||||||||
| 责任方 | 瑞士巴塞尔大学医院 | ||||||||
| 研究赞助商 | 瑞士巴塞尔大学医院 | ||||||||
| 合作者 | 瑞士国家科学基金会 | ||||||||
| 调查人员 |
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| PRS帐户 | 瑞士巴塞尔大学医院 | ||||||||
| 验证日期 | 2020年12月 | ||||||||
