• 鉴定出的不同簇中的病毒，细菌和真菌共感染的性质[时间范围：第0天到第28天]
  与疾病严重程度有关的病毒，细菌，真菌，寄生虫探索病毒，细菌，真菌，寄生虫的shot弹枪i枪分析
• SARS COV-2病毒复制动力学的比较[时间范围：第0天到第28天]
  基于宏基因组学的量化
• 4.在确定的不同簇中选择了随时间选择的病毒遗传决定因素的表征[时间框架：第0天到第28天]
  病毒基因组比较和机器学习，以评估突变（准特性）在疾病严重程度中的作用

大流行SARS-COV-2（COVID-19）呼吸道感染造成4,000多人死亡，主要是急性呼吸遇险综合征（ARDS）继发的（67％）。 ARDS通常与40％的死亡率有关，但是感染SARS-COV-2的患者的速率达到61％。在ARDS患者中已经描述了两种内型：一种，高炎症，与非常高死亡率有关（51％）；第二次，略微炎症（免疫分析），与死亡率较低（19％）有关。在Covid-19患者中，还观察到明显的免疫反应谱。一些患者表现出深层淋巴细胞减少症和/或长时间的病毒排泄，与更频繁地发生共同感染有关（ + 29％的病毒， + 23％的细菌， + 10％的真菌）。后一组在死亡率方面可能面临更高的风险。因此，炎症反应和/或微生物共感染的强度似乎是感染SARS-COV-2的患者严重程度和死亡率的风险因素，这决定了疾病的病程。为了使早期最佳治疗管理适应每种形式的疾病，必须能够在微生物和炎症水平上表征这些特征。

在东部和北部的Ile-de-France中有一个由6个强化单元组成的坚定网络，正在招募180名ARDS患者，并感染SARS-COV-2。对于这些患者，在包含时收集鼻咽拭子。随后是新的鼻咽拭子和每周一次的深呼吸样本，直到D28，以探索共感染并监测SARS-COV-2的病毒载荷。这些样品的其余部分都收集到研究中。同时，通常在重症监护范围内收集的临床数据将在CRF上收集。他们将允许计算沙发等风险评分。

临床宏基因组学是一种能够通过转录组学探索宿主的炎症反应和所有微生物的共感染的能力。为此，将根据标准15189进行认可的方法，并将用于诊断常规用于探索复杂感染。实际上，将预提取样品（化学，酶和机械裂解），然后使用Qiasymphony（Qiagen）提取。该库将由Nextera XT套件共同制备DNA，并由滞留的TRUSEQ Total RNA（Illumina）组成，然后由Novaseq（Illumina）测序。宏基因组和转录组分析将由我们的Metamic软件进行，并补充了最近添加的特定模块，用于分析SARS-COV-2遗传变异性及其动力学。最后，将进行无监督的数据挖掘分析，以确定“高炎性”和“免疫分析”组的存在，然后允许对指导其聚类的决定因素进行分析。每个组将根据其临床，生物学和病毒学数据进行分析，以确定特定的预后标记。

因此，拟议的项目将全面评估SARS-COV-2感染的动力学，通过元基因组学 /转录组学在ARDS中的CoVID-19患者的炎症概况和微生物学文献，目的是检测风险较高的患者的特征，以了解严重形式的疾病机制，并允许对预后进行更精确和更早的评估，以及对管理的适应。

• 呼吸窘迫综合征，成人
• 新冠肺炎

纳入标准：

• 患者接受了SARS-COV-2记录的ARDS重症监护（柏林定义）
• 主要患者（年龄≥18岁）
• 收集患者或他的支持人员，家人或密友（通讯）的非重视

排除标准：

• 较小的患者
• 拒绝参加研究
• 受法律保护的患者
• 囚犯

• 鉴定出的不同簇中的病毒，细菌和真菌共感染的性质[时间范围：第0天到第28天]
  与疾病严重程度有关的病毒，细菌，真菌，寄生虫探索病毒，细菌，真菌，寄生虫的shot弹枪i枪分析
• SARS COV-2病毒复制动力学的比较[时间范围：第0天到第28天]
  基于宏基因组学的量化
• 4.在确定的不同簇中选择了随时间选择的病毒遗传决定因素的表征[时间框架：第0天到第28天]
  病毒基因组比较和机器学习，以评估突变（准特性）在疾病严重程度中的作用

大流行SARS-COV-2（COVID-19）呼吸道感染造成4,000多人死亡，主要是急性呼吸遇险综合征（ARDS）继发的（67％）。 ARDS通常与40％的死亡率有关，但是感染SARS-COV-2的患者的速率达到61％。在ARDS患者中已经描述了两种内型：一种，高炎症，与非常高死亡率有关（51％）；第二次，略微炎症（免疫分析），与死亡率较低（19％）有关。在Covid-19患者中，还观察到明显的免疫反应谱。一些患者表现出深层淋巴细胞减少症和/或长时间的病毒排泄，与更频繁地发生共同感染有关（ + 29％的病毒， + 23％的细菌， + 10％的真菌）。后一组在死亡率方面可能面临更高的风险。因此，炎症反应和/或微生物共感染的强度似乎是感染SARS-COV-2的患者严重程度和死亡率的风险因素，这决定了疾病的病程。为了使早期最佳治疗管理适应每种形式的疾病，必须能够在微生物和炎症水平上表征这些特征。

在东部和北部的Ile-de-France中有一个由6个强化单元组成的坚定网络，正在招募180名ARDS患者，并感染SARS-COV-2。对于这些患者，在包含时收集鼻咽拭子。随后是新的鼻咽拭子和每周一次的深呼吸样本，直到D28，以探索共感染并监测SARS-COV-2的病毒载荷。这些样品的其余部分都收集到研究中。同时，通常在重症监护范围内收集的临床数据将在CRF上收集。他们将允许计算沙发等风险评分。

临床宏基因组学是一种能够通过转录组学探索宿主的炎症反应和所有微生物的共感染的能力。为此，将根据标准15189进行认可的方法，并将用于诊断常规用于探索复杂感染。实际上，将预提取样品（化学，酶和机械裂解），然后使用Qiasymphony（Qiagen）提取。该库将由Nextera XT套件共同制备DNA，并由滞留的TRUSEQ Total RNA（Illumina）组成，然后由Novaseq（Illumina）测序。宏基因组和转录组分析将由我们的Metamic软件进行，并补充了最近添加的特定模块，用于分析SARS-COV-2遗传变异性及其动力学。最后，将进行无监督的数据挖掘分析，以确定“高炎性”和“免疫分析”组的存在，然后允许对指导其聚类的决定因素进行分析。每个组将根据其临床，生物学和病毒学数据进行分析，以确定特定的预后标记。

因此，拟议的项目将全面评估SARS-COV-2感染的动力学，通过元基因组学 /转录组学在ARDS中的CoVID-19患者的炎症概况和微生物学文献，目的是检测风险较高的患者的特征，以了解严重形式的疾病机制，并允许对预后进行更精确和更早的评估，以及对管理的适应。

• 呼吸窘迫综合征，成人
• 新冠肺炎

纳入标准：

• 患者接受了SARS-COV-2记录的ARDS重症监护（柏林定义）
• 主要患者（年龄≥18岁）
• 收集患者或他的支持人员，家人或密友（通讯）的非重视

排除标准：

• 较小的患者
• 拒绝参加研究
• 受法律保护的患者
• 囚犯