• 整个转录组和目标NG的公共曲目[时间范围：5年]
  NAC“数据库将由已有文献记录的RNASEQ和靶向NGS轮廓构建
• 确定与NAC反应相关的分子特征[时间范围：5年]
  串行分子曲线的比较
• 建立暴露于NAC的PDO样品[时间范围：5年]
  暴露于NAC的PDO的百分比将与患者与NAC的临床反应平行
• 评估CTCS功能[时间范围：5年]
  表型，基于RNA-seq的转录组

乳腺癌（BC）是法国的一个主要公共卫生问题，发生率越来越大，2017年的新病例约为60,000例，死亡12,000例。尽管近年来生存的改善，但对化学疗法（CT）的耐药性仍然是卑诗省的最高挑战：分子机制仍然鲜为人知，并且目前的干预措施不足以靶向化学抗性。 Neo-Adjuvant Chimiotherapy（NAC）现在越来越多地用于具有三重阴性（TN）或HER2+肿瘤等BC的妇女（Pusztai等，Lancet Oncol 2019）。它至少提供了三个优点：i）肿瘤缓解授权保守手术，ii）根据病理反应调整辅助全身疗法，在TN患者中递送Capecitabine（Masuda N.等，N。Engl JMed。2017）和在没有病理完全反应（PCR）和III的情况下，HER2+患者（Von Minckwitz G等人，N Engl JMed。2019）的T-DM1提供了研究化学抗性分子机制的资源。当前的标准NAC方案基于蒽环类和紫杉烷的顺序关联（以及曲妥珠单抗，如果HER2+）（Huober＆Von Minckwitz，乳腺癌，2011年）和PCR的实现，被定义为缺乏残留侵入性癌症在病理学评估中缺乏残留癌症手术标本（切除的乳房标本和采样的同侧淋巴结（即AJCC分期系统中的YPT0/TIS YPN0）是一个很好的预测功能；没有PCR的患者处于高度复发风险（约50％的TN和TN和TN和HER2+亚型）。

提高这些患者治疗效率的主要瓶颈是确定有效涉及NAC抗性的候选者，相关和预测模型中的验证以及从替代标记物中的检测。当然，在NAC样品（无PCR）与敏感（PCR）患者之间或配对后的NAC样品与NAC样品之间的抗NAC样品（无PCR）之间差异化的分子改变的搜索可能会显示与抗药性有关的候选者（“先天） “和“获得稳定”），但忽略了NAC期间可能可逆的变化（“获得可逆”），而在切除的样品中未识别（Echeverria GV，SCI Transs Med 2019），但仅通过分析可识别NAC方案期间的连续样品，在临床实践中困难和创伤。

本项目旨在确定符合NAC资格的BC患者的耐药性候选者。它的独创性在于三种不同和互补的前瞻性方法的组合：从NAC前后的活检的分子分析中，从体外BC患者衍生的器官（PDO）模仿患者对NAC的反应，以及来自循环tumor细胞的反应（CTCS）（CTCS） ）在NAC之前/之后隔离。该项目将结合最先进的技术（RNA和DNA的少量生物学材料，稀有亚群/单细胞隔离和多态分析）与创新模型（有关乳腺PDO的药物测试，可逆药物 - 可逆药物 - 鉴定）诱导的变化）和与耐药性涉及的巧妙标记的巧妙组合，这些标记已建立并在实验室中运行（CF部分）。由于最近的两个技术进步：乳腺癌PDO培养物（Sachs N等人Cell。2018）和CTCS的隔离和表征（Gkountela S等人，2019年）。简而言之，研究人员将使用来自NAC治疗的BC患者的串行肿瘤活检和血液样本（图1）。 NAC之前和之后将收集肿瘤活检。它们将通过RNA-SEQ和靶向NGS（外显子）方法来捕获不同病理反应的患者NAC引起的差异。它们还将用于生成BC PDO型号。 NAC响应的PDO模型将被利用为研究NAC抗性的相关模型。具体而言，研究人员将使用这些模型来研究体外“可逆”药物诱导的抗性机制（即仅在药物暴露期间可检测到）。将在NAC分析CTC之前，期间和之后收集血液样本，并旨在确定“可逆”药物诱导的耐药机制的离体，研究人员可能仅在NAC样品之前/之后无法检测到这些耐药机制。

据我们所知，这是第一次将这三种创新方法一起使用，以深入研究接受NAC的患者的“抗药性”主题。这种组合的强度是预测可能发生的不同（不是相互排斥）的情况（“先天”，“获得的稳定”和/或“可逆”药物诱导的抗性）。每种方法都将提供原始，精确和特定的信息，这将有助于与本文中当前可用的分散和不完整数据相比，为该问题构建更完整的答案。

• RH+
  前瞻性血液和活检分析
  干预：其他：血液和肿瘤的分子分析
• HER2+
  前瞻性血液和活检分析
  干预：其他：血液和肿瘤的分子分析
• TN
  前瞻性血液和活检分析
  干预：其他：血液和肿瘤的分子分析

纳入标准：

1. 18岁以上的女人
2. 签署同意参加
3. 在组织学和 /或细胞学上证明了侵入性的乳腺癌腺癌
4. 参考临床团队保留CNA的指示。
5. 没有禁忌CNA。
6. 选定的CNA后手术序列的指示，然后放疗
7. 性能指数≤1（WHO）。
8. 隶属于社会保障计划或这种计划的受益人

排除标准：

1. 计划的治疗序列：CNA，然后进行新辅助放疗（例如，历史临床试验）
2. 诊断时转移性疾病
3. 患者从乳腺癌中复发
4. 除宫颈癌原位或基底细胞癌' target='_blank'>皮肤基底细胞癌以及被认为已得到适当治疗且复发风险低的任何其他癌性病理外，其他3年的其他恶性疾病除外。
5. 妇女怀孕或可能（无效避孕）或母乳喂养
6. 在紧急情况下，成年人受到法律保护措施（受监护，监护或法律保护）或无法表达同意的人。
7. 由于地理，社会或心理原因，无法进行试验的医学监测

• 整个转录组和目标NG的公共曲目[时间范围：5年]
  NAC“数据库将由已有文献记录的RNASEQ和靶向NGS轮廓构建
• 确定与NAC反应相关的分子特征[时间范围：5年]
  串行分子曲线的比较
• 建立暴露于NAC的PDO样品[时间范围：5年]
  暴露于NAC的PDO的百分比将与患者与NAC的临床反应平行
• 评估CTCS功能[时间范围：5年]
  表型，基于RNA-seq的转录组

乳腺癌（BC）是法国的一个主要公共卫生问题，发生率越来越大，2017年的新病例约为60,000例，死亡12,000例。尽管近年来生存的改善，但对化学疗法（CT）的耐药性仍然是卑诗省的最高挑战：分子机制仍然鲜为人知，并且目前的干预措施不足以靶向化学抗性。 Neo-Adjuvant Chimiotherapy（NAC）现在越来越多地用于具有三重阴性（TN）或HER2+肿瘤等BC的妇女（Pusztai等，Lancet Oncol 2019）。它至少提供了三个优点：i）肿瘤缓解授权保守手术，ii）根据病理反应调整辅助全身疗法，在TN患者中递送Capecitabine（Masuda N.等，N。Engl JMed。2017）和在没有病理完全反应（PCR）和III的情况下，HER2+患者（Von Minckwitz G等人，N Engl JMed。2019）的T-DM1提供了研究化学抗性分子机制的资源。当前的标准NAC方案基于蒽环类和紫杉烷的顺序关联（以及曲妥珠单抗，如果HER2+）（Huober＆Von Minckwitz，乳腺癌，2011年）和PCR的实现，被定义为缺乏残留侵入性癌症在病理学评估中缺乏残留癌症手术标本（切除的乳房标本和采样的同侧淋巴结（即AJCC分期系统中的YPT0/TIS YPN0）是一个很好的预测功能；没有PCR的患者处于高度复发风险（约50％的TN和TN和TN和HER2+亚型）。

提高这些患者治疗效率的主要瓶颈是确定有效涉及NAC抗性的候选者，相关和预测模型中的验证以及从替代标记物中的检测。当然，在NAC样品（无PCR）与敏感（PCR）患者之间或配对后的NAC样品与NAC样品之间的抗NAC样品（无PCR）之间差异化的分子改变的搜索可能会显示与抗药性有关的候选者（“先天） “和“获得稳定”），但忽略了NAC期间可能可逆的变化（“获得可逆”），而在切除的样品中未识别（Echeverria GV，SCI Transs Med 2019），但仅通过分析可识别NAC方案期间的连续样品，在临床实践中困难和创伤。

本项目旨在确定符合NAC资格的BC患者的耐药性候选者。它的独创性在于三种不同和互补的前瞻性方法的组合：从NAC前后的活检的分子分析中，从体外BC患者衍生的器官（PDO）模仿患者对NAC的反应，以及来自循环tumor细胞的反应（CTCS）（CTCS） ）在NAC之前/之后隔离。该项目将结合最先进的技术（RNA和DNA的少量生物学材料，稀有亚群/单细胞隔离和多态分析）与创新模型（有关乳腺PDO的药物测试，可逆药物 - 可逆药物 - 鉴定）诱导的变化）和与耐药性涉及的巧妙标记的巧妙组合，这些标记已建立并在实验室中运行（CF部分）。由于最近的两个技术进步：乳腺癌PDO培养物（Sachs N等人Cell。2018）和CTCS的隔离和表征（Gkountela S等人，2019年）。简而言之，研究人员将使用来自NAC治疗的BC患者的串行肿瘤活检和血液样本（图1）。 NAC之前和之后将收集肿瘤活检。它们将通过RNA-SEQ和靶向NGS（外显子）方法来捕获不同病理反应的患者NAC引起的差异。它们还将用于生成BC PDO型号。 NAC响应的PDO模型将被利用为研究NAC抗性的相关模型。具体而言，研究人员将使用这些模型来研究体外“可逆”药物诱导的抗性机制（即仅在药物暴露期间可检测到）。将在NAC分析CTC之前，期间和之后收集血液样本，并旨在确定“可逆”药物诱导的耐药机制的离体，研究人员可能仅在NAC样品之前/之后无法检测到这些耐药机制。

据我们所知，这是第一次将这三种创新方法一起使用，以深入研究接受NAC的患者的“抗药性”主题。这种组合的强度是预测可能发生的不同（不是相互排斥）的情况（“先天”，“获得的稳定”和/或“可逆”药物诱导的抗性）。每种方法都将提供原始，精确和特定的信息，这将有助于与本文中当前可用的分散和不完整数据相比，为该问题构建更完整的答案。

• RH+
  前瞻性血液和活检分析
  干预：其他：血液和肿瘤的分子分析
• HER2+
  前瞻性血液和活检分析
  干预：其他：血液和肿瘤的分子分析
• TN
  前瞻性血液和活检分析
  干预：其他：血液和肿瘤的分子分析

纳入标准：

1. 18岁以上的女人
2. 签署同意参加
3. 在组织学和 /或细胞学上证明了侵入性的乳腺癌腺癌
4. 参考临床团队保留CNA的指示。
5. 没有禁忌CNA。
6. 选定的CNA后手术序列的指示，然后放疗
7. 性能指数≤1（WHO）。
8. 隶属于社会保障计划或这种计划的受益人

排除标准：

1. 计划的治疗序列：CNA，然后进行新辅助放疗（例如，历史临床试验）
2. 诊断时转移性疾病
3. 患者从乳腺癌中复发
4. 除宫颈癌原位或基底细胞癌' target='_blank'>皮肤基底细胞癌以及被认为已得到适当治疗且复发风险低的任何其他癌性病理外，其他3年的其他恶性疾病除外。
5. 妇女怀孕或可能（无效避孕）或母乳喂养
6. 在紧急情况下，成年人受到法律保护措施（受监护，监护或法律保护）或无法表达同意的人。
7. 由于地理，社会或心理原因，无法进行试验的医学监测