A-回顾性研究中采用的方法论：

样本量确定：

2019年11月至2020年2月提出的500个案例将包括Ain Shams University Hospitals的Explore研究

样品集：

住院的莎丽病患者的口咽和鼻咽拭子（NP）：

内科医学，胸部和小儿医院的临床医生将负责从所有与WHO标准SARI病例定义的住院患者那里获得口咽和鼻咽拭子进行实验室检查。

口咽擦拭：

应使用植入尼龙纤维拭子涂抹器的干式无菌尖端擦拭后咽。该拭子应放在15 mL离心管中，该管子带有患者独特的ID并包含2ML病毒传输介质（VTM）。然后切断涂抹器棒。

鼻咽擦拭：

一个柔软的无菌尖端堆满了尼龙纤维拭子涂抹器，插入鼻孔，然后回到鼻咽，然后放置几秒钟。然后以旋转运动缓慢撤回。对于Sari患者，将拭子放入与带有患者独特ID标记的口咽拭子和轴相同的离心管中。含有拭子的15毫升管应在冷链中尽快仔细运输到医院实验室。

样本处理：

15毫升管中接收的拭子应使用涡流混合器从拭子尖端释放细胞，然后将两个拭子从管中取出并使用钳子丢弃。 VTM应分为具有正确的患者ID的2个预先标记的无菌冰棍。一个冰冷的速度应立即放在冰箱（-70°C）中，而另一个冰冷的冰口将通过Masri分子实验室的实时PCR使用分子测试。

Samples will be tested by real time multiplex PCR using FTD- respiratory 33 kit for the presence of a wide panel of respiratory pathogens that include: influenza A and subtypes influenza A Pdm(H1N1) and seasonal H3, influenza B, influenza C, parainfluenza viruses 1、2、3和4;冠状病毒NL63、229E，OC43和HKU1；人类元毒病毒A和B；鼻病毒；呼吸综合病毒A和B；腺病毒；肠病毒；副病毒；博卡病毒；肺炎刺激;支原体肺炎；衣原体肺炎；肺炎链球菌； B型流感嗜血杆菌（HIB测定也检测到与咽炎有关的嗜血杆菌的溶血性）；金黄色葡萄球菌； Moraxella catarrhalis; Bordetella spp。 （除了Bordetella parapertussis），克雷伯氏菌肺炎；军团菌种和沙门氏菌。根据MERS-COV或HPAI H5N1怀疑的病例，根据其与鸟类或骆驼的接触史，或参考WHO怀疑的MERS-COV或AVIAN流感病例，将使用CDC方案进行测试。

样本存储：

样品的第二等分试样通过在现场测试中通过随机选择带有不同结果的样品并由其他NAMRU-3实验室专业知识重新测试，将样品存储在Masri分子实验室的冰柜（-70°C）中，用于外部质量保证（EQA）。在Masri分子实验室中；这些样品也可以用于NGS或MASRI分子实验室中的病毒分离进一步测试。

样本转移：

所有样品将保存在医学院Ain Shams研究所 - 分子单位实验室中，并且不会转移到其他实验室。

b-探索Covid-19的研究测试，使用RT-REAL时间测试测定方法 - 病毒RNA隔离：使用Thermofisher或其他推荐公司提供的市售套件。在完整的无菌条件下，将在生物安全2级机柜中进行工作。 -

COVID-19检测：

使用实时逆转录聚合酶链反应RT-PCR可以对通过各种方法（包括鼻咽拭子或痰样品）获得的呼吸样品进行测试。结果通常在几个小时内可用。分子方法利用聚合酶链反应（PCR）以及其他晚期分析技术，使用实时逆转录聚合酶链反应来检测病毒的遗传材料，以诊断。 HVD，Thermofisher等人提供的市售套件。

c-基因组测序（NGS），用于可能阳性共vid-19样品离子倾斜的下一代测序（NGS）可以使精简的研究工作流进行完整的基因组测序和SARS-COV-2的整个基因组测序和流行病学研究（Coronavirus，负责coronavirus，负责coronavirus conavid-19 ）。通过使用一组高度特异性的通用冠状病毒引物与高保真主混合物结合使用，所有基因组段都会放大，并且在任何离子洪流系统上对DNA扩增子进行了测序，以在一天以下的低下提供高度准确的冠状病毒。离子Arnpliseq SARS-COV-2研究面板由2个池组成，其Arnplicons范围从125275 bp IRI长度为完全病毒基因组测序

• 冠状病毒病（Covid-19）
• 新冠肺炎

纳入标准：

• 2019年11月2日至2020年11月提出的500个案例将包括Ain Shams University Hospitals的Explore研究

排除标准：

• 样品不足

A-回顾性研究中采用的方法论：

样本量确定：

2019年11月至2020年2月提出的500个案例将包括Ain Shams University Hospitals的Explore研究

样品集：

住院的莎丽病患者的口咽和鼻咽拭子（NP）：

内科医学，胸部和小儿医院的临床医生将负责从所有与WHO标准SARI病例定义的住院患者那里获得口咽和鼻咽拭子进行实验室检查。

口咽擦拭：

应使用植入尼龙纤维拭子涂抹器的干式无菌尖端擦拭后咽。该拭子应放在15 mL离心管中，该管子带有患者独特的ID并包含2ML病毒传输介质（VTM）。然后切断涂抹器棒。

鼻咽擦拭：

一个柔软的无菌尖端堆满了尼龙纤维拭子涂抹器，插入鼻孔，然后回到鼻咽，然后放置几秒钟。然后以旋转运动缓慢撤回。对于Sari患者，将拭子放入与带有患者独特ID标记的口咽拭子和轴相同的离心管中。含有拭子的15毫升管应在冷链中尽快仔细运输到医院实验室。

样本处理：

15毫升管中接收的拭子应使用涡流混合器从拭子尖端释放细胞，然后将两个拭子从管中取出并使用钳子丢弃。 VTM应分为具有正确的患者ID的2个预先标记的无菌冰棍。一个冰冷的速度应立即放在冰箱（-70°C）中，而另一个冰冷的冰口将通过Masri分子实验室的实时PCR使用分子测试。

Samples will be tested by real time multiplex PCR using FTD- respiratory 33 kit for the presence of a wide panel of respiratory pathogens that include: influenza A and subtypes influenza A Pdm(H1N1) and seasonal H3, influenza B, influenza C, parainfluenza viruses 1、2、3和4;冠状病毒NL63、229E，OC43和HKU1；人类元毒病毒A和B；鼻病毒；呼吸综合病毒A和B；腺病毒；肠病毒；副病毒；博卡病毒；肺炎刺激;支原体肺炎；衣原体肺炎；肺炎链球菌； B型流感嗜血杆菌（HIB测定也检测到与咽炎有关的嗜血杆菌的溶血性）；金黄色葡萄球菌； Moraxella catarrhalis; Bordetella spp。 （除了Bordetella parapertussis），克雷伯氏菌肺炎；军团菌种和沙门氏菌。根据MERS-COV或HPAI H5N1怀疑的病例，根据其与鸟类或骆驼的接触史，或参考WHO怀疑的MERS-COV或AVIAN流感病例，将使用CDC方案进行测试。

样本存储：

样品的第二等分试样通过在现场测试中通过随机选择带有不同结果的样品并由其他NAMRU-3实验室专业知识重新测试，将样品存储在Masri分子实验室的冰柜（-70°C）中，用于外部质量保证（EQA）。在Masri分子实验室中；这些样品也可以用于NGS或MASRI分子实验室中的病毒分离进一步测试。

样本转移：

所有样品将保存在医学院Ain Shams研究所 - 分子单位实验室中，并且不会转移到其他实验室。

b-探索Covid-19的研究测试，使用RT-REAL时间测试测定方法 - 病毒RNA隔离：使用Thermofisher或其他推荐公司提供的市售套件。在完整的无菌条件下，将在生物安全2级机柜中进行工作。 -

COVID-19检测：

使用实时逆转录聚合酶链反应RT-PCR可以对通过各种方法（包括鼻咽拭子或痰样品）获得的呼吸样品进行测试。结果通常在几个小时内可用。分子方法利用聚合酶链反应（PCR）以及其他晚期分析技术，使用实时逆转录聚合酶链反应来检测病毒的遗传材料，以诊断。 HVD，Thermofisher等人提供的市售套件。

c-基因组测序（NGS），用于可能阳性共vid-19样品离子倾斜的下一代测序（NGS）可以使精简的研究工作流进行完整的基因组测序和SARS-COV-2的整个基因组测序和流行病学研究（Coronavirus，负责coronavirus，负责coronavirus conavid-19 ）。通过使用一组高度特异性的通用冠状病毒引物与高保真主混合物结合使用，所有基因组段都会放大，并且在任何离子洪流系统上对DNA扩增子进行了测序，以在一天以下的低下提供高度准确的冠状病毒。离子Arnpliseq SARS-COV-2研究面板由2个池组成，其Arnplicons范围从125275 bp IRI长度为完全病毒基因组测序

• 冠状病毒病（Covid-19）
• 新冠肺炎

纳入标准：

• 2019年11月2日至2020年11月提出的500个案例将包括Ain Shams University Hospitals的Explore研究

排除标准：

• 样品不足