• 确定肿瘤突变负担（TMB）的周转时间[时间范围：3周]
  平台上组织样品接收到TMB结果之间的时间之间的时间
• RNA - 序列的损耗率（RNASEQ）[时间范围：样本分析时间]
  通过RNASEQ方法分析的案例数量没有结果
• 由RNA-seq确定的TMB的错误分类速率[时间范围：样本分析时间]
  与由整个外显子组测序（WES）确定为金标准的TMB相比
• 由癌症基因组面板（CGP）确定的TMB的错误分类速率[时间范围：样本分析时间]
  与由整个外显子组测序（WES）确定为金标准的TMB相比
• 由FoundationOne CDX测定面板确定的TMB的错误分类速率[时间范围：样本分析时间]
  与由整个外显子组测序（WES）确定为金标准的TMB相比
• 由CpG或WES和RNASEQ检测到的分子可药物改变[时间范围：样本分析时间]
• 同一患者的手术前活检中TMB值与手术标本的一致性[时间范围：样本分析时间]

1. 有关正在调查的领域的当前知识

   临床证据表明，免疫检查点阻滞剂（ICB）药物的治疗对多种肿瘤类型的患者受益。但是，需要开发预测性生物标志物来鉴定最有可能对免疫疗法反应的患者。

   对免疫疗法反应的新兴生物标志物是肿瘤标本中存在的突变总数。该生物标志物被称为突变负荷或肿瘤突变负担（TMB）。假设高度突变的肿瘤更有可能含有活化的免疫细胞靶向的新抗原。在下一代测序（NGS）技术的最新进展中允许的这一指标，尤其是全外观测序（WES）和RNA-sequesting（RNA-Seq）（RNA-SEQ），在几种肿瘤类型中已显示与患者对患者对患者的反应相关冰博子。实际上，TMB与抗PD-1和抗CTLA-4治疗的临床益处相关，包括恶性黑色素瘤（Snyder等，2014； Van Allen等，2015）每个外显子，非小细胞肺癌（NSCLC）（Rizvi等，2015）的100多个非同义单核苷酸变体（NSSNV），其阈值定义为高于每个外来的178 NSSNV和几个DNA修复缺乏的阈值肿瘤（Howitt等，2015; Le等人，2015，2017）。最近的一项研究前瞻性证实，NSCLC中的Nivolumab Plus ipilimumab的肿瘤突变负担高的患者的PFS明显更长（Hellmann等，2018）。总体而言，提出了ICB的DNA修复缺乏，突变景观，预测的新抗原负荷和临床活动之间的直接联系。

   TMB被定义为所检查的基因组的体细胞，编码，碱基取代和indel突变的数量。靶向基因编码区域中的所有基础取代和插入。已经表明，使用癌症基因面板（CGP）测定法计算的TMB与整个外显子组的突变负担非常吻合（Chalmers等，2017）。这表明针对数百个基因的整个编码区域的CGP涵盖了足够的基因组大小以准确评估WES突变负担。已经发现，过滤出种系改变和稀有变体对于获得TMB的准确测量很重要，这对于来自种族背景的患者在测序数据集中表现不佳的患者尤其重要。这些发现表明，CGP是一种用于测量TMB的准确，成本效益且临床上可用的工具。下抽样分析的结果表明，测序1.1 MB时，测量结果的变化可接受，导致TMB高度准确地调用TMB水平的范围。随着测序的巨型公布数量减少，尤其是在TMB较低水平下，这种采样变化的增加。虽然靶向的CGP可用于准确评估TMB，但目前不适合鉴定任何基因中发生的新抗原。然而，FoundationOne CDX测定法也通过针对性的CGP确定了TMB的最终影响（Hellmann等，2018）。

   未能评估TMB可能会在分析过程中的不同步骤中发生。它可以以低水平的DNA（5-10％）为单位采集。 NGS处理取决于方法可能会导致过程失败约2-3％。最后，生物信息学的策展将导致失败的3-5％。最后，TMB将以15％的样本（Fondination Medicine Personal Communication）的流失率不确定。

   从全国范围内的角度来实施肿瘤突变负担评估是具有挑战性的，应该做出巨大的努力。无论哪种方法，WES或大型CGP，TMB的测量结果都会改变分子平台中基因测序的尺度。

   重要的是，将实施肿瘤突变负担测量的平台能够校准其CGP并将其与TMB测量的标准参考进行比较。此外，借助有限的DNA，实现的方法需要为大多数样品产生可靠的结果。这些平台还需要部署其湿长凳过程和生物信息学管道，以便能够在与临床患者管理兼容的周转时间中生产TMB。

2. 研究参与者的人群的描述和选择参与者的理由

   如上所述，TMB似乎是ICB功效的重要标志。因此，重要的是要在全国范围内实施TMB测量，以确保对ICB的平等访问。

   法国国家癌症研究所（INCA）标记了负责不同分子测试的分子平台，应建立其过程，以便能够面对这一新测试。这项研究被指定为测试不同的CGP方法，以评估肺癌中的肿瘤突变负担，以比较不同的方法并确定不同方法的缺点和失败。这项研究的结果应允许估计在全国范围内实施TMB的需求，建议癌症基因面板，提出经过验证的生物信息学管道，并最终建议降低测试失败率的临界过程。

   为此，本研究将确定肺癌患者的TMB。将招募200例非小细胞肺癌（NSCLC）和天真治疗的患者。

   将招募三个队列：

   • 未经切除的情况将包括100名患者，我们将确定活检标本上的TMB

   • 手术切除肿瘤后将包括100例患者，我们将确定切除的样品上的TMB

     • 在该队列中，将在活检标本中评估TMB，并在切除的样品上为20例患者进行了200名患者的招募，以进行220个TMB分析。

   参与的站点是大型平台，它们是根据其实施新测试的能力选择的，并且具有进行所描述研究的所有设施。这项研究中包括的患者将对应于在疾病过程中接受免疫检查点抑制剂的患者。这项研究在一项非间接研究中，因为它不会改变患者的临床护理。在患者护理所需的临床过程中，将进行组织采样。该研究将在验证中以与本研究兼容的方式进行验证后，向患者提出。仅将收集肿瘤材料，并且不会收集生殖线DNA。

   选定的患者将接近接受ICB的患者，并且目标人群将与已通过手术切除的患者富集，以便能够拥有足够的组织来在这些样品中进行比较不同的方法，以评估TMB并比较手术前手术前。活检和手术标本。

3. 调查的元素或元素的描述

正在研究的元素是NSCLC患者的TMB。将评估TMB估计中的损耗率（未产生结果的案例数）。确定TMB的黄金标准是WES，因为它涵盖了所有编码区域。其他几种癌症基因面板方法（CGP）是根据癌症基因面板测序描述的。本研究中包括的CGP将是来自Illumina（TS500），Thermofisher（oncomine肿瘤突变负荷测定法），具有安捷伦技术的自制面板（专用XT HS）和Foundation Medicine F1 CDX的面板。人们认识到，癌症基因面板的大小应接近1MB，以便能够在不同类型的癌症中可靠地测量TMB。

在NSCLC的本系列中，将比较不同的TMB测量方法，以验证市场上或不同的INCA平台可用的不同CGP。生物信息学建模将尝试将WES和CGP的TMB结果相关联。为此，基于根据WES的结果计算出的突变负荷的结果，将根据重复1000次的1000个基因的随机选择来推断突变载荷的结果。由整个外显子组测序和不同随机基因面板计算得出的肿瘤突变负担之间的相关系数（R2）的平均值为0.88 IQR [0.84-0.91]，表明应仔细评估TMB的选择。用于临床实践（未发表的结果）。研究期间将收集的材料将允许确定分子生物学平台中实施的CGP的性能。

• 非小细胞肺癌
• 肺的非小细胞癌
• 非小细胞肺癌III期
• 非小细胞肺癌IV期

• 活检样本
  肿瘤突变负担（TMB）将在患者标准护理期间进行活检样本进行评估。
  干预：其他：TMB评估
• 手术样本
  TMB将在患者标准护理过程中切除的肿瘤手术标本样本中进行评估。
  干预：其他：TMB评估
• 活检样品 +手术样品
  TMB将在活检样本和患者标准护理过程中切除的肿瘤手术标本样本上进行评估。
  干预：其他：TMB评估

纳入标准：

• 患有任何NSCLC，III期和IV期的患者在法国平台上进行分子分析。对于EGFR，KRAS，ALK的存在，将不存在排除标准。
• 患者年龄将≥18岁，<85岁
• 患者样品的分析前特征与CGP / WES分析兼容。
• 患者已签署ICF。
• 需要在现场分析患者样本的FFPE材料并进行中心分析。如果在1个月内不提供FFPE样本，则可以在先前在小面板NG中筛选的提取的DNA开始现场分析。
• 患者样品中的肿瘤细胞应优于30％。

排除标准：

• 在临床试验的情况下，患者NSCLC中的TMB已经知道或估计。
• 如果初始癌症接受新辅助 /辅助治疗，则患有NSCLC的患者。
• 法律保护的患者

• 确定肿瘤突变负担（TMB）的周转时间[时间范围：3周]
  平台上组织样品接收到TMB结果之间的时间之间的时间
• RNA - 序列的损耗率（RNASEQ）[时间范围：样本分析时间]
  通过RNASEQ方法分析的案例数量没有结果
• 由RNA-seq确定的TMB的错误分类速率[时间范围：样本分析时间]
  与由整个外显子组测序（WES）确定为金标准的TMB相比
• 由癌症基因组面板（CGP）确定的TMB的错误分类速率[时间范围：样本分析时间]
  与由整个外显子组测序（WES）确定为金标准的TMB相比
• 由FoundationOne CDX测定面板确定的TMB的错误分类速率[时间范围：样本分析时间]
  与由整个外显子组测序（WES）确定为金标准的TMB相比
• 由CpG或WES和RNASEQ检测到的分子可药物改变[时间范围：样本分析时间]
• 同一患者的手术前活检中TMB值与手术标本的一致性[时间范围：样本分析时间]

1. 有关正在调查的领域的当前知识

   临床证据表明，免疫检查点阻滞剂（ICB）药物的治疗对多种肿瘤类型的患者受益。但是，需要开发预测性生物标志物来鉴定最有可能对免疫疗法反应的患者。

   对免疫疗法反应的新兴生物标志物是肿瘤标本中存在的突变总数。该生物标志物被称为突变负荷或肿瘤突变负担（TMB）。假设高度突变的肿瘤更有可能含有活化的免疫细胞靶向的新抗原。在下一代测序（NGS）技术的最新进展中允许的这一指标，尤其是全外观测序（WES）和RNA-sequesting（RNA-Seq）（RNA-SEQ），在几种肿瘤类型中已显示与患者对患者对患者的反应相关冰博子。实际上，TMB与抗PD-1和抗CTLA-4治疗的临床益处相关，包括恶性黑色素瘤（Snyder等，2014； Van Allen等，2015）每个外显子，非小细胞肺癌（NSCLC）（Rizvi等，2015）的100多个非同义单核苷酸变体（NSSNV），其阈值定义为高于每个外来的178 NSSNV和几个DNA修复缺乏的阈值肿瘤（Howitt等，2015; Le等人，2015，2017）。最近的一项研究前瞻性证实，NSCLC中的Nivolumab Plus ipilimumab的肿瘤突变负担高的患者的PFS明显更长（Hellmann等，2018）。总体而言，提出了ICB的DNA修复缺乏，突变景观，预测的新抗原负荷和临床活动之间的直接联系。

   TMB被定义为所检查的基因组的体细胞，编码，碱基取代和indel突变的数量。靶向基因编码区域中的所有基础取代和插入。已经表明，使用癌症基因面板（CGP）测定法计算的TMB与整个外显子组的突变负担非常吻合（Chalmers等，2017）。这表明针对数百个基因的整个编码区域的CGP涵盖了足够的基因组大小以准确评估WES突变负担。已经发现，过滤出种系改变和稀有变体对于获得TMB的准确测量很重要，这对于来自种族背景的患者在测序数据集中表现不佳的患者尤其重要。这些发现表明，CGP是一种用于测量TMB的准确，成本效益且临床上可用的工具。下抽样分析的结果表明，测序1.1 MB时，测量结果的变化可接受，导致TMB高度准确地调用TMB水平的范围。随着测序的巨型公布数量减少，尤其是在TMB较低水平下，这种采样变化的增加。虽然靶向的CGP可用于准确评估TMB，但目前不适合鉴定任何基因中发生的新抗原。然而，FoundationOne CDX测定法也通过针对性的CGP确定了TMB的最终影响（Hellmann等，2018）。

   未能评估TMB可能会在分析过程中的不同步骤中发生。它可以以低水平的DNA（5-10％）为单位采集。 NGS处理取决于方法可能会导致过程失败约2-3％。最后，生物信息学的策展将导致失败的3-5％。最后，TMB将以15％的样本（Fondination Medicine Personal Communication）的流失率不确定。

   从全国范围内的角度来实施肿瘤突变负担评估是具有挑战性的，应该做出巨大的努力。无论哪种方法，WES或大型CGP，TMB的测量结果都会改变分子平台中基因测序的尺度。

   重要的是，将实施肿瘤突变负担测量的平台能够校准其CGP并将其与TMB测量的标准参考进行比较。此外，借助有限的DNA，实现的方法需要为大多数样品产生可靠的结果。这些平台还需要部署其湿长凳过程和生物信息学管道，以便能够在与临床患者管理兼容的周转时间中生产TMB。

2. 研究参与者的人群的描述和选择参与者的理由

   如上所述，TMB似乎是ICB功效的重要标志。因此，重要的是要在全国范围内实施TMB测量，以确保对ICB的平等访问。

   法国国家癌症研究所（INCA）标记了负责不同分子测试的分子平台，应建立其过程，以便能够面对这一新测试。这项研究被指定为测试不同的CGP方法，以评估肺癌中的肿瘤突变负担，以比较不同的方法并确定不同方法的缺点和失败。这项研究的结果应允许估计在全国范围内实施TMB的需求，建议癌症基因面板，提出经过验证的生物信息学管道，并最终建议降低测试失败率的临界过程。

   为此，本研究将确定肺癌患者的TMB。将招募200例非小细胞肺癌（NSCLC）和天真治疗的患者。

   将招募三个队列：

   • 未经切除的情况将包括100名患者，我们将确定活检标本上的TMB

   • 手术切除肿瘤后将包括100例患者，我们将确定切除的样品上的TMB

     • 在该队列中，将在活检标本中评估TMB，并在切除的样品上为20例患者进行了200名患者的招募，以进行220个TMB分析。

   参与的站点是大型平台，它们是根据其实施新测试的能力选择的，并且具有进行所描述研究的所有设施。这项研究中包括的患者将对应于在疾病过程中接受免疫检查点抑制剂的患者。这项研究在一项非间接研究中，因为它不会改变患者的临床护理。在患者护理所需的临床过程中，将进行组织采样。该研究将在验证中以与本研究兼容的方式进行验证后，向患者提出。仅将收集肿瘤材料，并且不会收集生殖线DNA。

   选定的患者将接近接受ICB的患者，并且目标人群将与已通过手术切除的患者富集，以便能够拥有足够的组织来在这些样品中进行比较不同的方法，以评估TMB并比较手术前手术前。活检和手术标本。

3. 调查的元素或元素的描述

正在研究的元素是NSCLC患者的TMB。将评估TMB估计中的损耗率（未产生结果的案例数）。确定TMB的黄金标准是WES，因为它涵盖了所有编码区域。其他几种癌症基因面板方法（CGP）是根据癌症基因面板测序描述的。本研究中包括的CGP将是来自Illumina（TS500），Thermofisher（oncomine肿瘤突变负荷测定法），具有安捷伦技术的自制面板（专用XT HS）和Foundation Medicine F1 CDX的面板。人们认识到，癌症基因面板的大小应接近1MB，以便能够在不同类型的癌症中可靠地测量TMB。

在NSCLC的本系列中，将比较不同的TMB测量方法，以验证市场上或不同的INCA平台可用的不同CGP。生物信息学建模将尝试将WES和CGP的TMB结果相关联。为此，基于根据WES的结果计算出的突变负荷的结果，将根据重复1000次的1000个基因的随机选择来推断突变载荷的结果。由整个外显子组测序和不同随机基因面板计算得出的肿瘤突变负担之间的相关系数（R2）的平均值为0.88 IQR [0.84-0.91]，表明应仔细评估TMB的选择。用于临床实践（未发表的结果）。研究期间将收集的材料将允许确定分子生物学平台中实施的CGP的性能。

• 非小细胞肺癌
• 肺的非小细胞癌
• 非小细胞肺癌III期
• 非小细胞肺癌IV期

• 活检样本
  肿瘤突变负担（TMB）将在患者标准护理期间进行活检样本进行评估。
  干预：其他：TMB评估
• 手术样本
  TMB将在患者标准护理过程中切除的肿瘤手术标本样本中进行评估。
  干预：其他：TMB评估
• 活检样品 +手术样品
  TMB将在活检样本和患者标准护理过程中切除的肿瘤手术标本样本上进行评估。
  干预：其他：TMB评估

纳入标准：

• 患有任何NSCLC，III期和IV期的患者在法国平台上进行分子分析。对于EGFR，KRAS，ALK的存在，将不存在排除标准。
• 患者年龄将≥18岁，<85岁
• 患者样品的分析前特征与CGP / WES分析兼容。
• 患者已签署ICF。
• 需要在现场分析患者样本的FFPE材料并进行中心分析。如果在1个月内不提供FFPE样本，则可以在先前在小面板NG中筛选的提取的DNA开始现场分析。
• 患者样品中的肿瘤细胞应优于30％。

排除标准：

• 在临床试验的情况下，患者NSCLC中的TMB已经知道或估计。
• 如果初始癌症接受新辅助 /辅助治疗，则患有NSCLC的患者。
• 法律保护的患者