• 因果结构变化[时间范围：12个月]
  在首次研究人群中鉴定因果结构变化（CNV，易位，反转）（在WGS策略的MDM期间确认）患者的临床特征和WGS分析中递增选择的每个步骤的诊断产量，WES，WGS）根据前面步骤的结果以及根据染色体微阵列分析和44GP的结果，也将是整个人群中感兴趣的参数。
• 增量成本效益比[时间范围：24个月]
  成本效益的终点将是基于效率标准的基础，该标准基于对每次额外诊断成本表示的增量成本效益比的估计。
• 动摇诊断研究的平均成本[时间范围：24个月]
  估计动摇诊断研究成本
• 至少进行一次医疗，医疗社会，康复和心理随访的一种修改的百分比[时间范围：24个月]
• 辅助数据的数量和类型[时间范围：12个月]
  父母在本研究中明确同意的SFS的数量和类型（4或5类突变（S））将在特定报告中记录。结果将由研究人群中的SF的百分比以及其识别后的医疗后果的数量和类型来定义。
• 分析遗传数据和遗传确认所需的中值时间和技能类型[时间范围：12个月]
• 获得结果的中间时间[时间范围：12个月]

简介：智力残疾（ID）是小儿遗传中心转诊的最常见原因，其特征是极端遗传异质性，与无数罕见的疾病相对应，使ID鉴定复杂化。

总的来说，今天在法国，对于非合成ID影响的患者，FRA-X检测，染色体微阵列分析和44个ID选择基因的基因面板策略可导致1/3例患者的全球诊断产量，留下2/3的患者。没有诊断。

下一代测序（NGS）技术的出现和爆发清楚地彻底改变了国际罕见疾病领域的诊断和研究方法。这就是为什么Defidiag的主要假设是整个基因组测序（WGS）可以允许改善法国ID患者的诊断性能和成本效益。

目的：本研究的主要目的是通过进行三重量WGS分析与当前法国参考策略的使用（ACPA，X-FRA，DI 44）来比较ID患者在ID患者中鉴定出的遗传因果诊断的百分比。

方法和设计：这是一项前瞻性研究。调查人员预计将与他/她的2个生物学不受影响的父母一起包括1275个索引案。

• 遗传：三重奏整体基因组测序
  除父母的基因组数据外，还将使用索引案例的基因组数据进行WGS三重奏分析。该分析将遵循包含3个强制性步骤的共识协议：首先，将在整个基因组数据集中检查从头变体（SNV，CNV和其他SV）；然后，将在OMIM扩展列表的整个基因组区域中的AR或X链接的Mendelian模式假设下进行SNV/CNV/其他SV分析（其中包含已经参与人类遗传疾病的所有基因）。最后，分析将集中于AD模式假设下的遗传病原变异（分析已报道为Clinvar或HGMD Pro中的致病性变异； OMIM基因中的CNV或截断变化等）。当完成这三个步骤分析时，将记录在每个步骤中确定的感兴趣的变体，直到由特定的多学科会议进行检查。
• 遗传：单纯基因组测序
  该分析将仅使用与WGS三重奏相似策略的索引案例进行
• 遗传：当前法国参考策略
  由以下分析定义的实际ANPGM建议：FRA-X +染色体微阵列分析 + 44GPS

1. 儿童或成人的纳入标准未知病因（指数案例）

   为了有资格参加这项研究，个人必须符合以下所有标准：

   • 年龄：

     1. 在0到5年之间，具有严格的标准（在运动技能，语言和/或社交性方面发生严重的延迟发展）或
     2. ≥6岁：ID患者，无论严重程度如何（但通过临时神经心理学测试证明ID）和相关的表现
   • 在一个参与中心之一的基因咨询期间没有明显的诊断（即，不包括具有众所周知的分子诊断的ID的明显综合征）；
   • 提供“参与者”同意书的签名和日期；
   • 表示愿意遵守研究期间的所有研究程序和可用性。

   具有符合法国法律的社会保障的患者（与法国公共卫生法第1121-1章中规定的人类人的研究有关的规定）。

2. 亲生父母的纳入标准

   - 父母同意书的签署和注明日期。

3. 非包含标准

   • 一个人提出了任何条件，在调查人员认为的任何条件下，因此不希望受试者参加审判或危害遵守该协议的情况，这将是不合格的；
   • 孤立的学习障碍患者；
   • 一个或两个具有ID的父母；
   • 父母在司法保护之下（Tutelle，Curatelle et Sauvegarde de Justice）；
   • 患有已知病因诊断的患者（非物质，以前证明的FRA-X综合征，已知染色体异常，已知的致病性或可能通过任何技术在ID基因中鉴定出的病原变异）。
   • 用于生物库项目的患者有关：对局部麻醉的过敏

• 委员
• 里昂的临终关怀
• 中心医院的迪蒙大学
• 鲁恩大学医院
• 斯特拉斯堡大学医院
• APHP